Seit 2015 arbeitete sie eng mit dem Regisseur Calixto Bieito zusammen, für den sie zahlreiche Inszenierungen überall in Europa adaptierte.
2017 gewann sie den internationalen Regiewettbewerb „Ring Award“ in Graz, 2018 wurde sie bei den „International Opera Awards“ als Newcomerin des Jahres für ihre Inszenierung Pelléas et Melissande in Oslo gewählt. Seither inszenierte sie an den renommiertesten Opernhäusern, u. a. in Berlin, Wien, Dresden, Amsterdam, Antwerpen, London, Oslo, Basel, Bilbao, Lyon, Prag und Leipzig.
2019 wurde sie mit dem spanischen Theaterpreis „Los Premios Ercilla“ für die beste Aufführung ausgezeichnet. Von 2019/20 bis 2021/22 war Barbora Horáková Hausregisseurin an der Staatsoper Hannover, wo sie bisher Carmen und Eugen Onegin inszenierte.